加州大学圣地亚哥分校设有六个学院，分别为瑞威尔学院、约翰·缪尔学院、瑟古德·马歇尔学院、厄尔·沃伦学院、埃莉诺·罗斯福学院、以及第六学院。每个学院并不是以学习的专业对学生进行分配的，有它自己的校园和学生宿舍，其学科也各不相同，每个学院的学科要求和学术哲学也各不相同。

    加州大学圣地亚哥分校的药学，生命科学，数学，经济学，传媒学，计算机科学均位居世界前30，物理学，天文学，化学，哲学也稳定保持在世界前50的水平。除此之外，其他热门专业有神经科学、海洋学、生物工程、生理学、药剂学、戏剧和舞蹈、遗传学、地质科学、细胞和发育生物学、人类学、生物化学和分子生物学、政治科学、电机工程，航空工程和机械工程。

　　加州大学圣地亚哥分校本科专业排名：

　　生物化学工程专业(#6);土木工程专业(#15);计算机工程专业(#14)

　　加州大学圣地亚哥分校专业排名：

　　航空航天工程专业(#21);生物医学工程专业/生物工程专业(#2);化学工程专业(#53);土木工程专业(#17);计算机工程专业(#15);电子电气工程专业(#15);材料工程专业(#24);机械工程专业(#16);生物学专业(#16);化学专业(#20);生物化学专业(#10);临床心理学专业(#25);计算机科学专业(#16);地球科学专业(#15);经济学专业(#12);英语专业(#42);美术专业(#13);历史学专业(#41);数学专业(#19);药学专业(#25);物理学专业(#17);政治学专业(#9);心理学专业(#13);公共事务学专业(#64);社会学专业(#36)