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莱斯大学计算机科学实验室合作设计SARS-CoV-2测试!

上传时间:2020-08-31浏览量:53

摘要:莱斯计算机科学家托德·特雷根(Todd Treangen)的生物信息学研究小组正在与分子诊断公司Great Basin Scientific合作,以优化SARS-CoV-2(引起COVID-19的病原体)病毒RNA的分子检测分析的设计和计算评估。下面随着托普仕老师详细了解一下。

莱斯大学计算机科学实验室合作设计SARS-CoV-2测试

  莱斯布朗工程学院计算机科学助理教授Treangen 是COVID-19国际研究小组COV-IRT的联合负责人 ,该小组最近举行了第二届国际研讨会,探讨了最新的突破。

  由博士生Nicolae Sapoval,博士后科学家Leo Elworth和Treangen领导的Treangen实验室的 COVID-19诊断小组已开发出一种名为OliVar的新型生物信息学软件,该软件 使研究人员和化验开发人员能够自动化和设计针对病毒基因组区域的化验突变频率最低。该软件有助于设计专门针对高基因组稳定性区域的高质量分子检测分析。鉴定稳定基因组区域的能力有助于确保经常突变并在自然界快速进化的病毒基因组的测试寿命和稳健性。

  OliVar团队的其他成员包括软件工程师Bryce Kille以及博士生Liu Yunxi和Fu Yilei Fu。

  Treangen说:“与大盆地地区的这种令人兴奋的合作将使我的研究小组开发的计算方法和软件能够直接为快速,灵敏和负担得起的SARS-CoV-2和新兴病原体检测和监测做出贡献。”

  总部位于盐湖城的大盆地正在使用OliVar生成的引物和探针 设计来优化,测试,验证并将其纳入大盆地SARS-CoV-2直接测试,该测试目前处于后期,是基于逆转录聚合酶链反应的测试旨在直接从上呼吸道患者样本中检测SARS-CoV-2 RNA的开发。预计该公司将在今年晚些时候向食品药品监督管理局申请紧急使用许可。

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